Obra de Andrés García de Quiñones presenta un espacio más cercano al patio de un palacio real que al claustro de un edificio religioso. Los dos primeros cuerpos se dividen por semicolumnas de orden compuesto, con galería de arcos en la planta baja y balcones coronados por óculos en la primera, a la que se accede desde la calle y la iglesia. En el tercer piso balcones entre pilastras planas.

La planta principal del claustro está decorada con 28 lienzos, narrando la vida de San Ignacio desde la batalla de Pamplona hasta su muerte, encargados por la Compañía de Jesús al napolitano Sebastiano Conca.